prof Andrzej.doc

Witam J

Oto rozwiązany test z inż. gen z 1 terminu (19.06.2006). Konkretnie to grupa B… Co by nie było myślę ze się przyda nie jednemu … Jeśli chodzi o pewność do prawidłowych odpowiedzi to pierwsza sprawa ze są one konsultowane z dziewczynami które dostały 4.5 i 4.0.. (dzieki im za to) a były to 2 z 3 najlepszych wyników J potem już same 3.5 … 3 i .. L.. a po drugie, ze tak powiem, prof. Andrzej sam się na ten temat trochę wypowiedział nawet nie będąc tego świadomym…tutaj słowa uznania dla kilku dziewczyn J- one wiedzą o kogo chodzi J ( sumując : tam gdzie będzie pisać ‘100%’ znaczy ze potwierdzone przez endrju J)

I oczywiście wielkie dzieki dla fotografa J bez niego nic z tego by nie powstalo J

Już mogę ? No to:

1.Ktore z podanych niżej związków  mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:

A) dATP, znakowany 32P w pozycji γ (gama)

B) ATP , znakowany w pozycji α (alfa)

C) dGTP , znakowany w pozycji α lub γ (alfa lub gama- obojętnie)

D) [γ(gama)-32P]-ATP

E) [α(alfa)-32P]-dATP

prawidłowe : D tylko !!.. nie wiem czemu nie A ale tak jest – ciekawskich odwoluje do pokoju c17 budynku F4 (100%)

2.Pytanie na temat pożywki M9 :(jej charakterystyka)

A) zawiera ampicyline

B) zawiera tylko zwiazki organiczne

C) zawiera tylko zwiazki nieorganiczne

D) ma ściśle zdefiniowany skład

C) po dodaniu glukozy otrzymamy pozywke LB

prawidlowe : D!! tylko (100%)

3. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilosci iz wartosc pH wynosila 12.5 Ktory z opisow / charakterystyk jest prawdziwe:

A) w tych warunkach caly dsDNA jaki znajdowal sie w komorce ulegl dysocjacji do

   pojedynczych nici

B) w tych warunkach dysocjacji do pojedynczych nici ulegly fragmenty DNA ktore sa w

     formie superzwinietej (supercoiled)

C) w tych warunkach wszystkie koliste czasteczki ulegaja dysocjacji

D) po zakwaszeniu do pH ok 7.00 tak przygotowany zdenaturowany DNA plazmidowy moze

     byc latwo oddzielony od chromosowego

E) po zakwaszeniu do ok pH=7.00 tak przygotowany zdenaturowany DNA chromosomu

     bakteryjnego moze byc latwo oddzielony od plazmidowego

prawidlowe: E (bez komentarza J) (100%)

4.Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :

A) znakowanie DNA przy wykorzystaniu gama -32P -ATP

B) znakowanie DNA przy wykorzystaniu alfa -32P -dATP

C) denaturacja DNA i elektroforeza

D) reakcja przy udziale rekombinowanego enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy

     DNA na bazie RNA

E) reakcja przy udziale polimerazy DNA I

prawidłowe : B i E (99,9% albo i nawet 100%)

5. Pewien student zamierzał otrzymac bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrebie centrum aktywnego enzymu XYZ. No i madrala zrobił jakoś tak:
gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy. Mniej wiecej to brzmialo cos jak to chociaz oczywiście nic pewnego :D. Jak dla mnie to ten student powinien dostac nobla i 4.0 u Andrzeja z marszu !

A) rekombinanty beda niebieskie

B) rekombinanty nie beda niebieskie

C) te co sie same zligowaly (nierembionanty) nie beda niebieskie

D) te co sie same zligowaly stanowia jedynie 1,2 % w porownaniu do eksperymentu

     kontrolnego gdzie nie było defosforylacji

E) w komorkach nie bedzie aktywnosci enzymu XYZ

prawidlowe : najprawdopodobniej D i E (i moze C ale to mniej prawdopodobne) są ździebko 

                        rożne wersje

6.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

A) 2 sygnaly fluorescencyjne blisko siebie

B) 2 sygnaly fluorescencyjne

C) 2 pary sygnalow fluor.

D) 4 sygnaly blisko siebie

E)  4 pary sygnalow

prawidłowe: nic pewnego ale wg tych czwórkowych i nie tylko to C !! Czemu ? nie mam

                      pojecia J ja zrobiłem A J czyli bzdure J

7.Cztery klony BAC fragmentow ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecnosc sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecnosc w poszczegolnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecnosc STS w danym klonie:

                                                                        STS

DNA                       1      2      3          4             5

A                             +     +      +

B                             +              +

C                                             +                         +

D                                     +                  +

Powyzsze wyniki wskazuja na to iz klony te skladaja sie na nastepujaca sekwencje:

A) A-B-C-D

B) D-C-B-A

C) A-B-D-E; klon C nie "pasuje" do pozostalych

D) D-A-C-B

E) D-A-B-C

prawidlowe: napewno E (w zasadzie to jakby tak założyć ze klon C ma dwa razy sekwencje STS numer 3 na początku i koncu to i odp D byłaby dobra J - ale tego raczej nikt nie zaznaczal – ja tylko zasiewam wątpliwości i pozostawiam do wlasnych przemyslen). Kto by chciał bardziej zrozumiec to pytanie to polecam „chodzenie po chromosomie” i to w wykładzie na temat „strategii zachodzących klonówJ jako metoda analizy cale genomu”. Bo tak wytłumaczyć tutaj to ja nie umiec raczej …

8.Byl rysunek wektoru (umieszczam jego dolny fragment J niestety wiecej nie mam):

A) wektor posiada gen markerowy

B) wektor jest kosmidem

C) korzystajac z wektora mozna prowadzic transkypcje in-vitro przy wykorzystaniu

     polimeraz fagowych

D) wektor pozwala na badanie aktywnosci promotorow eukariotycznych

E) wieksza ilosc preparatu wektora potrzebna do analiz mozna uzyskac hodujac bakterie

     transformowane tym wektorem

prawidłowe: A i E raczej na pewno J . i calkiem prawdopodobne ze D... i mozliwe C /// :) -

Tutaj dodam ze inne grupa miala inny rysunek (BlueScript ) i podobno była tam jedna prawidlowa odp : ze rysunek przedstawia fagemida !!

9.Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram :

    ddATP                  ddCTP                  ddGTP                          ddTTP

3’ 

5’ 

Która sekwencja będzie odpowiadała sekwencji nici matrycowej (czyli badanej):

A) 3’TACGT5’

B) 5’TGCAT3’

C) 3’ACGTT5’

D) 5’ATGCA3’

E) 5’TTGCA3’

F) zadna z powyzszych sekwecnji nie jest prawidlowa

Czytam sekwencje Od dolu: 5’TGCAT3’. Jest to sekwencja nici komplementarnej do naszej badanej. Czyli sekwencja nici matrycowej : 5’ATGCA3’ czyli D !

10. Kazdy rodzic ma dwa allele genu X. moze on miec postac dziką - dominujaca(A) -ZDROWA...albo zmutowaną - recesywną(a)- wywołuje hemofilie albo cos równie paskudnego – o już wiem : anemie sierpowatą. W przypadku zmutowanej wersji gen nie jest przecinany przez enzym restrykcyjny np. EcoRI bo nie ma miejsca rozpoznawanego przez ten enzym i otrzymujemy jeden tylko fragment o dł. 1,3 kb. Jesli tniemy gen dziki to otrzymujemy 2 fragmenty : 1,1kb i 0,2 kb. Znaczy gdzies tam w srodku ma jedno miejsce które jest rozpoznawane przez ten enzym restrykcyjny.

Pytanie: Jakie fragmenty bedziemy widziec u rodzicow ktorych PRZYSZLE DZIECKO MA 25% PRAWDOPODOBIENSTWO NA ZACHOROWANIE NA TĄ CHOROBE

Prawidlowe: czyli dziecko musi byc homozygota recesywna 'aa'. zeby tak sie stalo to rodzice sa heterozygotami A/a.

A) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.1 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow

B) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow

C) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3kb u jednego z rodzicow i 1,...